剧情猜想：
—— 从夺心案可知，宁王和郑载农关系不好，结合后面同舟会不同派系可知，郑载农和宁王不是一个派别的，有敌对。宁王掩护朱离开皇宫，烧了纸条，上面写着“朱一品已离宫”剧情可推出：前期同舟会内讧，实力大减，后期合作雄起。宁王是故意放朱离开皇宫，目的是想看郑载农的丹药是何效果
—— 胡砺金说是他哥进宫为母求医，结果大哥消失母亲也去世了，于是他进宫找哥哥。剧情可推出：胡砺金骗了众人，没有这件事，他进宫其实是为了躲避杀人的罪名（实际上没杀，并不是戏院案件）
—— 杨宇轩和聂紫衣已成亲，猜想为朱成亲失败后不久，朱和柳给杨和聂当媒人（第九集），猜想为医馆一结束后又发生了一些事（已确认，并非猜想）
——第五集，皇上给聂紫衣找了个大案子，给她弄了一个三条胳膊六条腿的指标，随着她发泄。（聂没来杨的墓前，因为朱想聂心情好点再说）
——第九集，郑载农进宫前去郑家庄游学，郑家庄是医术之乡
——第15集，皇上说朱和陈曾经以身试药救了他一命，可第一季没有这个剧情，可以推出一个案件
——第17集，太后的丧期已过，说明太后死了有一段时间
——第15集，刘松说“上次圣济院太医院那事”，意味着医馆一后又发生了一些事（皇上也说了），朱一品说:“上次的事情他们太医院很没面子”。有个横幅，写着“圣济殿灾后重建现场指挥部”，说明曾经被烧过
——第21集，刘松说“这件事和皇上中毒之事颇为相似，东厂西厂锦衣卫也十分怀疑这黑衣老道，只不过一直没有抓到证据，等回头我们抓现形，其实我觉得就是因为这样，咱们才闹出大乱子”，可医馆一里皇上没中过毒，说明医馆二有删减。宁亲王说不是自己干的，要是自己干的直接京城下手了 何必跑漠北这，再根据朱的猜想是同舟会所干，说明不是宁亲王这条同舟会线，是别的线
——26集，胡砺金说自己见过陈幕禅一面，还被打飞了。可前面陈幕禅没出现过，说明医馆二确实有删减
——27集，陈安安说胡砺金坑过她钱，做微商亏了不少，再次说明有删减。27集陈幕禅说开高兴山庄开了小半年，说明时间线上医馆一和二直接隔了半年时间
——39集，有一堆杀手的灵位，可以从这上面入手弄些案件
——43集，朱一品说半年前皇上许诺一千五百两黄金，说明医馆一结尾离医馆二有半年时间
——45集，聂紫衣说朱一品之前屡次卧底都大获成功
——46集，陈幕禅说他有更重要的事情，再结合他说进宫了，说明有新案件
—— 从夺心案可知，宁王和郑载农关系不好，结合后面同舟会不同派系可知，郑载农和宁王不是一个派别的，有敌对。宁王掩护朱离开皇宫，烧了纸条，上面写着“朱一品已离宫”剧情可推出：前期同舟会内讧，实力大减，后期合作雄起。宁王是故意放朱离开皇宫，目的是想看郑载农的丹药是何效果
—— 胡砺金说是他哥进宫为母求医，结果大哥消失母亲也去世了，于是他进宫找哥哥。剧情可推出：胡砺金骗了众人，没有这件事，他进宫其实是为了躲避杀人的罪名（实际上没杀，并不是戏院案件）
—— 杨宇轩和聂紫衣已成亲，猜想为朱成亲失败后不久，朱和柳给杨和聂当媒人（第九集），猜想为医馆一结束后又发生了一些事（已确认，并非猜想）
——第五集，皇上给聂紫衣找了个大案子，给她弄了一个三条胳膊六条腿的指标，随着她发泄。（聂没来杨的墓前，因为朱想聂心情好点再说）
——第九集，郑载农进宫前去郑家庄游学，郑家庄是医术之乡
——第15集，皇上说朱和陈曾经以身试药救了他一命，可第一季没有这个剧情，可以推出一个案件
——第17集，太后的丧期已过，说明太后死了有一段时间
——第15集，刘松说“上次圣济院太医院那事”，意味着医馆一后又发生了一些事（皇上也说了），朱一品说:“上次的事情他们太医院很没面子”。有个横幅，写着“圣济殿灾后重建现场指挥部”，说明曾经被烧过
——第21集，刘松说“这件事和皇上中毒之事颇为相似，东厂西厂锦衣卫也十分怀疑这黑衣老道，只不过一直没有抓到证据，等回头我们抓现形，其实我觉得就是因为这样，咱们才闹出大乱子”，可医馆一里皇上没中过毒，说明医馆二有删减。宁亲王说不是自己干的，要是自己干的直接京城下手了 何必跑漠北这，再根据朱的猜想是同舟会所干，说明不是宁亲王这条同舟会线，是别的线
——26集，胡砺金说自己见过陈幕禅一面，还被打飞了。可前面陈幕禅没出现过，说明医馆二确实有删减
——27集，陈安安说胡砺金坑过她钱，做微商亏了不少，再次说明有删减。27集陈幕禅说开高兴山庄开了小半年，说明时间线上医馆一和二直接隔了半年时间
——39集，有一堆杀手的灵位，可以从这上面入手弄些案件
——43集，朱一品说半年前皇上许诺一千五百两黄金，说明医馆一结尾离医馆二有半年时间
——45集，聂紫衣说朱一品之前屡次卧底都大获成功
——46集，陈幕禅说他有更重要的事情，再结合他说进宫了，说明有新案件
