游戏里大致可以分两派势力，艾德姆，母主领域。最终牵不牵手其实只是是否满足艾德姆一方的需求，而无论牵不牵手，都在母主领域的计划之内。
艾德姆势力：
艾德姆（上古孽奇拔，也是人类拉斐尔 马克思，他创造了母主领域，也创造了孽奇拔），奥尔科（第一只阿尔法孽奇拔，觉醒人性后建立了希雍），他们的剧情大部分是明线，就是想融合创造新人类，比较好懂。
甚至游戏一开始，艾德姆的名字，各种对话，都在不断暗示（不如说明示）他的身份。
当然这不代表他们伟光正，毕竟他们也在希雍杀人灭口。建立希雍，在希雍藏孽奇拔都是为了推进融合计划。
从游戏故事来看，故事大量参考了基督教元素，比如艾德姆（英文名和亚当完全一样），伊芙（英文名和夏娃完全一样），百合（百合英文名发音接近莉莉丝），希雍（希雍英文名发音接近锡安）。
最后结局如果选伊芙和艾德姆融合创造新人类，其实就是捏他亚当和夏娃成为人类先祖的故事。
母主领域势力：
游戏里难懂的是“母主领域”这个人工智能，从头到尾母主领域都没有透露过自己的真实意图，母主领域的意图只能通过其行为猜测。
其实游戏故事不仅仅是参考了基督教元素，而且也参考了电影黑客帝国（甚至可以说之所以大量参考基督教元素，也是受黑客帝国启发），比如游戏里快速传送是从电话亭打电话，就是专门致敬黑客帝国。希雍的领袖奥尔科，英文名其实就是“先知”。
游戏里很多人物都可以和黑客帝国进行对照：
空降小队（天使）都来自太空中的拓殖区，从伊芙，百合她们的对话，以及文本来看，拓殖区生活的埃多斯人，就如同黑客帝国里生活在矩阵里的人类，是被洗脑的大众。
黑客帝国里的人类大部分都以为自己生活在真实世界，但其实都生活在名为矩阵的模拟世界里，被名为母体的程序控制。
而游戏里拓殖区生活的埃多斯人，以为自己才是人类，以为母主领域创造了人类。他们完全不知道是有机人类创造了母主领域，母主领域创造了埃多斯人，再用埃多斯人消灭有机人类，再删去埃多斯人的记忆。拓殖区的埃多斯人甚至不知道地球上还有埃多斯人幸存，也不知道希雍的存在。
希雍，对照的不是圣经里的上帝之城锡安，而是黑客帝国里的锡安。锡安在黑客帝国里是“人类最后的堡垒”，只有生活在这里的人类知道矩阵世界是虚假的，但其实锡安的存在也只不过是母体的有意为之，母体无法控制所有人的思想，那些不相信矩阵是真实世界的人，母体就把他们排出系统，丢给锡安，然后每过一段时间都会派机器人消灭锡安的人类。
而在游戏里，地球上以希雍为核心的埃多斯人，和太空拓殖区的埃多斯人有所不同，他们中的一部分已经意识到“母主领域”不可信。
看过电影黑客帝国2的都知道，“母体”其实并不能控制所有人类的思想，总有一部分人会意识到矩阵世界是虚假的。于是母体为了保持对大部分人类的控制，把这些人赶出了矩阵，才有了锡安这个人类最后的城市，每当“救世主”出现，机器就要消灭一次锡安的人类。母体把不相信矩阵世界当做bug，这些bug的集合体就是“救世主”，黑客帝国的主角尼奥也是如此。每当“救世主”出现，母体就要杀光锡安所有人，但允许“救世主”从矩阵里选少数人类重建锡安，以人类的生存换取“救世主”和母体合作，因为母体要解析救世主，看看有哪些bug要修。
那么，游戏里的“母主领域”，很可能对应的就是黑客帝国里矩阵的程序“母体”。这不仅是两个作品的对照，在游戏里也有很多文本和剧情体现：
在游戏里可以很明显的知道，“母主领域”虽然洗脑能力强大，但其实没有办法洗脑每个埃多斯人，即便是虔诚的信徒也可能会因为渡鸦的引导而反对母主领域，结局伊芙也可以选择反抗。
游戏里很多文本都在暗示母主领域有能力用大规模杀伤性武器消灭地球上的孽奇拔，至少是没必要像游戏里这样完全靠空投步兵消灭孽奇拔。从不牵手的结局来看，拓殖区及其舰队的规模极其庞大，很可能有能力对地球进行大规模轨道轰炸。
此外，拓殖区明显是有枪炮技术的，否则百合不可能把无人机改造为磁轨炮。但母主领域故意不给空降小队的士兵配发枪械以及重武器，只让他们用刀砍，母主领域很可能是在有意筛选出太空埃多斯人里强大的个体，很可能母主领域和艾德姆同样知道上古孽奇拔可以和强大的埃多斯人融合。
综合以上，母主领域不用强大武器消灭孽奇拔和希雍（很明显母主领域知道希雍的存在），而是派空降小队送死，配合艾德姆唱这出戏，意图很可能就是为了持续操控埃多斯人。
母主领域把潜在的可能反抗的埃多斯人，组成空降小队空投地面，和孽奇拔厮杀，其中阿尔法孽奇拔和上古孽奇拔更是被定义为大魔头，是重点击杀对象。
空降小队如果战死，就不会再威胁母主领域对其他埃多斯人的统治；空降小队如果没死，大概率也只是成为拾荒者或者加入希雍，对母主领域在拓殖区的统治没有威胁；如果真的出现万中无一的奇才，也就是伊芙，并且和上古孽奇拔融合，也只不过是取代了上古孽奇拔大魔王的角色，成为下一批空降小队的讨伐对象。
艾德姆势力：
艾德姆（上古孽奇拔，也是人类拉斐尔 马克思，他创造了母主领域，也创造了孽奇拔），奥尔科（第一只阿尔法孽奇拔，觉醒人性后建立了希雍），他们的剧情大部分是明线，就是想融合创造新人类，比较好懂。
甚至游戏一开始，艾德姆的名字，各种对话，都在不断暗示（不如说明示）他的身份。
当然这不代表他们伟光正，毕竟他们也在希雍杀人灭口。建立希雍，在希雍藏孽奇拔都是为了推进融合计划。
从游戏故事来看，故事大量参考了基督教元素，比如艾德姆（英文名和亚当完全一样），伊芙（英文名和夏娃完全一样），百合（百合英文名发音接近莉莉丝），希雍（希雍英文名发音接近锡安）。
最后结局如果选伊芙和艾德姆融合创造新人类，其实就是捏他亚当和夏娃成为人类先祖的故事。
母主领域势力：
游戏里难懂的是“母主领域”这个人工智能，从头到尾母主领域都没有透露过自己的真实意图，母主领域的意图只能通过其行为猜测。
其实游戏故事不仅仅是参考了基督教元素，而且也参考了电影黑客帝国（甚至可以说之所以大量参考基督教元素，也是受黑客帝国启发），比如游戏里快速传送是从电话亭打电话，就是专门致敬黑客帝国。希雍的领袖奥尔科，英文名其实就是“先知”。
游戏里很多人物都可以和黑客帝国进行对照：
空降小队（天使）都来自太空中的拓殖区，从伊芙，百合她们的对话，以及文本来看，拓殖区生活的埃多斯人，就如同黑客帝国里生活在矩阵里的人类，是被洗脑的大众。
黑客帝国里的人类大部分都以为自己生活在真实世界，但其实都生活在名为矩阵的模拟世界里，被名为母体的程序控制。
而游戏里拓殖区生活的埃多斯人，以为自己才是人类，以为母主领域创造了人类。他们完全不知道是有机人类创造了母主领域，母主领域创造了埃多斯人，再用埃多斯人消灭有机人类，再删去埃多斯人的记忆。拓殖区的埃多斯人甚至不知道地球上还有埃多斯人幸存，也不知道希雍的存在。
希雍，对照的不是圣经里的上帝之城锡安，而是黑客帝国里的锡安。锡安在黑客帝国里是“人类最后的堡垒”，只有生活在这里的人类知道矩阵世界是虚假的，但其实锡安的存在也只不过是母体的有意为之，母体无法控制所有人的思想，那些不相信矩阵是真实世界的人，母体就把他们排出系统，丢给锡安，然后每过一段时间都会派机器人消灭锡安的人类。
而在游戏里，地球上以希雍为核心的埃多斯人，和太空拓殖区的埃多斯人有所不同，他们中的一部分已经意识到“母主领域”不可信。
看过电影黑客帝国2的都知道，“母体”其实并不能控制所有人类的思想，总有一部分人会意识到矩阵世界是虚假的。于是母体为了保持对大部分人类的控制，把这些人赶出了矩阵，才有了锡安这个人类最后的城市，每当“救世主”出现，机器就要消灭一次锡安的人类。母体把不相信矩阵世界当做bug，这些bug的集合体就是“救世主”，黑客帝国的主角尼奥也是如此。每当“救世主”出现，母体就要杀光锡安所有人，但允许“救世主”从矩阵里选少数人类重建锡安，以人类的生存换取“救世主”和母体合作，因为母体要解析救世主，看看有哪些bug要修。
那么，游戏里的“母主领域”，很可能对应的就是黑客帝国里矩阵的程序“母体”。这不仅是两个作品的对照，在游戏里也有很多文本和剧情体现：
在游戏里可以很明显的知道，“母主领域”虽然洗脑能力强大，但其实没有办法洗脑每个埃多斯人，即便是虔诚的信徒也可能会因为渡鸦的引导而反对母主领域，结局伊芙也可以选择反抗。
游戏里很多文本都在暗示母主领域有能力用大规模杀伤性武器消灭地球上的孽奇拔，至少是没必要像游戏里这样完全靠空投步兵消灭孽奇拔。从不牵手的结局来看，拓殖区及其舰队的规模极其庞大，很可能有能力对地球进行大规模轨道轰炸。
此外，拓殖区明显是有枪炮技术的，否则百合不可能把无人机改造为磁轨炮。但母主领域故意不给空降小队的士兵配发枪械以及重武器，只让他们用刀砍，母主领域很可能是在有意筛选出太空埃多斯人里强大的个体，很可能母主领域和艾德姆同样知道上古孽奇拔可以和强大的埃多斯人融合。
综合以上，母主领域不用强大武器消灭孽奇拔和希雍（很明显母主领域知道希雍的存在），而是派空降小队送死，配合艾德姆唱这出戏，意图很可能就是为了持续操控埃多斯人。
母主领域把潜在的可能反抗的埃多斯人，组成空降小队空投地面，和孽奇拔厮杀，其中阿尔法孽奇拔和上古孽奇拔更是被定义为大魔头，是重点击杀对象。
空降小队如果战死，就不会再威胁母主领域对其他埃多斯人的统治；空降小队如果没死，大概率也只是成为拾荒者或者加入希雍，对母主领域在拓殖区的统治没有威胁；如果真的出现万中无一的奇才，也就是伊芙，并且和上古孽奇拔融合，也只不过是取代了上古孽奇拔大魔王的角色，成为下一批空降小队的讨伐对象。
