珍珠钻石二周目玩法如下：
1.二周目开始后从二楼下来，得知劲敌说金岬市已经可以坐船了先来到真砂镇遇到小光说冠凤镇的长老呼叫主角

2.找到老奶奶添加了帝牙卢卡的图鉴，这样基本集齐150个图鉴，回到博士研究所，大木博士来到

3.图鉴升级为全国图鉴，得知有了联动公园并得到宝可梦探测器

4.门口继续小光对话，再跑去小光家跟她妹妹对话得知有大量宝可梦出现的消息

5.继续小光对话，之后前往绿缘市宝可梦中心隔壁屋子里可以得到伊布
6.晚上八点过后前往白岱森林可以遇到菜种，进入森之羊馆
7.调查二楼电视机发现洛托姆
8.之后可以去找劲敌了，去金岬市坐船，一上岸就发现劲敌和一红发少年


9.战斗区域里有战斗公园，可以获得点数卡
10.在里面遇到劲敌和他爸，挑战战斗公园21连胜后可以与馆主就是劲敌他爸对战
11.从战斗区域向上前往225号路，过道前得到高级钓竿

12.水路上的屋子里可以获得图鉴的外国说明，并且可以用


13.来到分岔路，先去227号路，遇到劲敌和吉宪

14.上面就是坚硬山脉，内部与红发少年组队

15.最深处被红发少年捡到火山巨石，之后发生地震

16.回遗迹区域红发少年家与之对话后跑回坚硬山脉最深处遇到席多蓝恩

17.回到分岔路往右走到228号路，沙漠屋子里可以学会御三家的究极技能
18.再往下就是休闲区域，之后就绕回战斗区域
19.214号路的秘泉之道可以到达归来洞穴

20.一路向前跑，经过三个柱子的房间后可以到达骑拉帝纳的房间

21.美央市的船员家与妻子对话后跟随船员前往满月岛遇到克雷色利亚

22.克雷色利亚飞走后捡到新月之羽救了船员孩子，之后全地图寻找克雷色利亚

23.修改器修改出天海之笛，任意商店领取
24.前往殿元山顶，吹响弟子光之阶梯出现，上去遇到阿尔宙斯

25.修改器修改出玛纳霏的蛋，领取孵化后放在宝可梦培育屋与百变怪一起孵蛋得到霏欧纳

26.修改大木博士的信，前往冠军之路的一个洞口进去，跟舞组队

27.出来后到达花海，遇到大门博士，对白色岩石输入假名后谢米出现，不过跑上去后找不到它了
28.携带三只永恒宝可梦前往金岬市的神殿
29.最深处唤醒雷吉奇卡斯