皖南医科大学（原皖南医学院）的王牌专业有法医学、临床医学、护理学、麻醉学等。
法医学是国家级特色专业，具有法医学硕士学位授予权，培养具备医学基本理论知识和系统的法医学理论知识及基本技能，从事法医学检案鉴定工作的专门人才。该专业毕业生平均就业率达97％以上，就业单位为全国各地（市）的公安、检察机关以及司法鉴定机构等部门。
临床医学专业学生主要学习医学方面的基础理论和基本知识，接受人类疾病的诊断、治疗、预防方面的基本训练，具有对人类疾病的病因、发病机制做出分类鉴别的能力。皖南医学院的临床医学学科进入ESI全球排名前1%，并入选安徽省高峰学科。
护理学专业学生主要学习相关的人文