1，机械，设备，农产品是不同的东西，虽然都是用于农业，但是不是全部由农业部制定。
2，只要是行业标准，都是国务院制定。不存在商业由商务部和行业协会制定。
3，国家人大+省人大+最高法院的司法解释才有立法权，才能制定法律，它是一个法律概念。
你说的各行业具体执行的法律，这句话怪怪的。
首先，每个行业群众具体执行的是标准（可以是国标，行标），违反标准构成犯罪的追究刑事责任。所以是，执行标准，违反犯罪了才有法律上的刑事责任。
其次，监督各行业执行情况的是条例，是行政方面的概念。
最后简单说一下你感兴趣的标准是怎么来的。国家标准包含强制标准和推荐标准。
推荐标准里面包含行业标准。
这两都是国务院行政主管部门制定，每个部门（可以简单理解为各行业技术部门）做项目提出，起草和技术审查。
做完了以后，编号和对外通报是国务院标准化行政主管部门（可以无脑理解为文职）做。
经过国务院批准或者国务院授权批准，这个文职就可以对外发布了。
然后生产单位就可以依据标准来生产了。