改了画法觉得好看罢（或许）

现实来讲就是前期的作画失误，从基因角度讲人体毛发颜色不会出现异色。当然不排除小神官抹了睫毛膏导致睫毛变色或者她其实是黑毛但染金点可能。
中二来讲就是这是因为她前期神恩不完整导致的劣化，第三卷主祭完成之后神选升格完成不再劣化就恢复应有的金色了。