严格来说，《娇娘医经》里面表现的时间线有3条。
时间线A：程氏族长，程昉的父亲程隼窥天道，预测程氏一族有灭族之灾，集合族之力培养程昉，以备灭族之时用巫术送程昉回到过去改变灭族历史。程昉4岁那年，遇见杨汕。程氏一族辅佐杨汕登基建立大梁朝，程昉被封为皇后。帝后大婚当夜，杨汕发难，灭程氏全族。在这场灭族灾难中，程昉被乱箭射死，挖心，因死亡触发预防机制，灵魂被送回294年前，穿越到程氏痴傻儿成程娇娘身上。之后历史不明。
时间线B：自程昉穿越到294年前的程娇娘身上开始，为《娇娘医经》主体内容。穿越后辅佐晋安郡王登基。程昉被封为皇后，直到本书陈丹娘和王十七的弟弟相遇为止，时间线B的主体结束。以这个时间为结点，289年后，程氏再次上演时间线A的灭族悲剧。在这场灭族灾难中，程昉被乱箭射死，挖心，因死亡触发预防机制，灵魂被再次送回过去，在过去再次形成时间线C。
时间线B的杨汕下令继续追捕逃走的程氏族人（这一次有族人逃出去了）。程父程隼被杨汕囚禁，逼问程氏窥天道获得的天机和大梁朝未来覆灭的源头。再最后一次逼问程隼天机未果之后，杨汕返回行宫，拿出被珍藏在水晶盒里面的程昉的心。发现水晶盒中的心脏正在腐烂。心脏腐烂消失后，杨汕倒地不起。从文中的暗示可知，水晶盒里面的心脏变成了杨汕的心脏。杨汕死亡，大梁朝覆灭。因为杨汕的死亡，追捕程氏逃走族人的军队返程，放过了近在咫尺的程氏族人，保留了程氏的一丝血脉。时间线B结束。这里因为从A穿越到B的程昉改变了部分历史，造成了时间线B相对于时间线A的历史偏移，结果就是时间线B的杨汕死亡，程氏血脉得以保留。时间线B在《娇娘医经》中正式结束。
时间线C：B时间线的程昉穿越到时间线C，在时间线B的历史基础上，继续造成影响，继续造成时间线C相对于时间线B的历史偏移。这一部分没有在文中体现。
整个故事，是一个有限循环的N条时间线构成。时间线A为故事的第一条时间线。在时间线A之后形成N条时间线造成N次历史偏移，直到改变程氏灭族命运，程昉不再因为被灭族而送回过去为止。
也可以理解为有N个时空。但是有一点要注意。天道不能轻易被改变。只能一次又一次的去造成细微的历史偏移。一次又一次的累积，最后形成质变。