高文带领联盟走出星球，一切欣欣向荣，然而当初偷跑的魔法女神看似去神圣化最彻底，但实则留有隐患，她逐渐在不可查的情况下变成了祂，只是无人发觉。
瑞贝卡，帝国钢珠，塞西尔的公主和研究首席，魔法天赋奇高，是魔法女神的神选，在魔法女神出现这样异常的变化后，瑞贝卡被逐渐侵蚀，魔法女神的手法微妙不可查，瑞贝卡被不断引导，开始私下研究一些隐秘的知识。
联盟星舰上的伺服脑频频出现问题，经过贝尔提拉女士检查，也未能发现原因，这些战舰只能返厂。
针对伺服脑的一场疾病席卷了联盟近半数战舰，高文以及联盟高层注意到了这些问题，开始调查。
返厂战舰安装了全新伺服脑，陆续返航，继续他们保卫联盟的神圣巡航，但这些战舰时不时会消失在通讯星图中，尽管他们最终都返航了，舰长与船员们对此的解释都是，宇宙环境干扰通讯。直到某一次，两支开拓者级编队消失了168小时，该编队最终返航时，只剩下两艘旗舰。他们的航程日志中报告遇到了极其特殊的宇宙风暴，他们甚至拿出了该风暴的观测记录，但最终被审查出日志与观测数据造假，同时也从两艘旗舰的舰体检查出了战斗的痕迹，战舰多处断裂，切口平滑，部分隔热层融化。舰长及其船员拒不回答任何有关他们航行的问题，最终都被判处叛逃，谋杀。
琥珀局长突然病倒，高烧不止，沉睡不醒。
瑞贝卡研究室发明了全新的人工智能，似乎战舰问题将被解决。