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D4是长寿基因(日本人研究) 原文链接: https://

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D4是长寿基因(日本人研究)
原文链接: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0002421
译文如下: 我们报告了来自112位日本半超百岁老人(年龄超过105岁)的完整线粒体DNA(mtDNA)序列的分析结果,并结合了先前发表的三种非疾病表型的96位患者的数据:百岁老人(99-105岁) 年龄),健康的非肥胖男性,肥胖的年轻男性和四种疾病表型,有无血管病的糖尿病患者以及阿尔茨海默氏病和帕金森氏病患者。 我们使用两种不同的方法分析线粒体多态性和寿命表型之间的相关性。 我们首先使用穷举算法来识别至少五个个体共有的所有最大多态性模式,并定义一个显着性得分,以丰富相对于健康正常人的每种表型中的模式。 我们的研究证实了在先前研究中观察到的相关性,该相关性表明D进化枝中单倍体层次的丰富化以延长寿命。 对于极端的寿命表型,我们看到一个具有统计学意义的信号:D4a单倍群中百岁老人和半超百岁老人中某些“有益”模式的逐渐丰富。 然后,我们使用SNP-SNP协方差矩阵的主成分谱分析将测得的特征值与高斯数据集上特征值的Null分布进行比较,以确定数据中的相关性(由于寿命)是否是由突变本身的某些属性引起的还是 它们是否是由于人口结构。 结论是相关性完全归因于种群结构(系统树)。 我们没有发现与寿命相关的功能性mtDNA SNP的信号。 相关性来自人群结构的事实表明,常染色体事件的搭便车是观察到的相关性的可能解释。
引用文献:Bilal E,Rabadan R,Alexe G,Fuku N,Ueno H,Nishigaki Y等。 (2008)线粒体DNA单倍体D4a是日本超长寿的标记。 PLoS一3(6):e2421。 doi:10.1371 / journal.pone.0002421
编辑:奥地利因斯布鲁克医科大学的Florian Kronenberg
收到:2008年1月28日; 接受:2008年4月25日; 发布时间:2008年6月11日
版权:©2008 Bilal等。 这是根据知识共享署名许可协议条款分发的开放获取文章,该文章允许在任何媒介中无限制地使用,分发和复制,但要注明原始作者和出处。
资金:这项工作得到了科研资助的部分资助(MT的A-15200051和YN的C-18590317),以及美国科学技术基金会的青年科学家资助(B-18700541 NF)。 日本教育,文化,体育,科学和技术部,根据第三期癌症综合控制十年战略(对MT)的拨款,由“神经与精神研究补助金”计划的17A-10拨款 日本厚生劳动省的疾病(对MT),以及花王医疗科学研究委员会的资助(对YN)和武田科学基金会的资助(I-2007对MT) 和II-2007(YN)。 NH的工作得到了日本厚生劳动省长寿科学基金会的资助。 GB的工作得到了新泽西州癌症研究所和新泽西州癌症研究委员会的资助。 EB的工作得到了新泽西州新不伦瑞克省罗伯特伍德·约翰逊医学院的临床和转化科学中心的资助。 RR由西蒙斯基金会,安布罗斯·莫内尔基金会,莱昂·利维基金会和美国国立卫生研究院支持。


IP属地:德国来自iPhone客户端1楼2020-07-18 09:25回复
    现代人类的预期寿命比我们最亲近的黑猩猩[1]高得多。 在人类当中,日本人寿命最长,男性的预期寿命为79岁,女性的预期寿命为86岁[2]。 尽管这种长寿可能来自非遗传因素,例如更好的医疗保健,饮食,生活方式等,但它也可能具有遗传成分,尤其是在非常老年人中,尽管缺乏任何进化选择,他们仍然可以长寿 压力(也许所谓的“祖母效应”除外)[3]。 在本文中,我们重点研究mtDNA突变,并分析是否有证据表明它们在长寿中发挥作用。 如果存在影响寿命的mtDNA突变,则它们可以直接赋予选择优势,或者可以补偿其他基因座上的有害突变(与mtDNA或核基因相关)或有害(赋予选择劣势)。 这样的多态性不仅限于非同义突变。 mtDNA上的同义突变也可能是搭便车而延长寿命的标志,其中由于常染色体事件的选择性清除,该突变是单倍群扩增的替代物[4]。
    理想情况下,遗传分析应包括mtDNA和常染色体上的SNP。 这将允许进行全基因组分析,以鉴定与长寿相关的突变和途径,以及它们与根据mtDNA和Y染色体系统发育学推断的人群群的地理集群和迁移历史的相关性。 不幸的是,尽管已经朝这个方向采取了一些初始步骤[5],但这样的详细数据尚不存在。 目前,我们的分析必须限于mtDNA序列。
    在本文中,我们通过寻找长寿表型,mtSNP和mtDNA单倍型之间的相关性,开发了鉴定长寿突变的技术。 相关性可能是由于功能多态性或种群结构所致。 我们使用两种不同的方法分析相关性。 首先,我们使用几个统计分数直接测试单倍群与长寿表型之间的相关性。 在第二篇文章中,我们应用主成分谱分析将功能多态性引起的相关性与种群结构引起的相关性分开。 结果相似。 我们发现在D超单倍型群中有一个长寿选择,在D→D4→D4a世系中有很强的渐进相关性。 但是,使用高斯生成的SNP分布,我们发现这种关联最有可能是由于种群结构造成的(即,它取决于M进化枝的系统发育细节,其中D是亚进化枝,无法识别功能性SNP)。 我们确定D4a中的mtSNP 14979C(Cytb:Ile78Thr)与极长寿命相关。 为了研究这种mtSNP是否可能在核SNP上搭便车,我们在HapMaP中的日本D进化枝样本中寻找了富集的关联特征[5]。 但是,HapMaP中的SNP密度太低,无法给出任何明确的结论。


    IP属地:德国来自iPhone客户端2楼2020-07-18 09:25
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      2025-08-08 18:01:41
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      图1显示了本研究中使用的样品的年龄分布。 数据来自两个来源。 第一个是Tanaka等[6],由672个完整的线粒体DNA序列组成,分为7种表型,每组96个样本:JD或患有严重血管病的糖尿病患者(平均年龄:65±10岁;范围43-92岁 ),ND或2型糖尿病患者(平均年龄:58±5岁;范围43-65岁),HN或健康的非肥胖青年男性(平均年龄:20±3岁;范围18-25岁), ON或肥胖的年轻男性(平均年龄:21±2岁;范围18–25岁),KA或阿尔茨海默氏病患者(平均年龄:77±10岁;范围47–93岁),PD或帕金森氏病患者( 平均年龄:62±9岁;范围39-81岁)和GC / TC或岐阜/东京百岁老人(平均年龄:100±1,范围99-105岁)(请参阅[7]和http://mtsnp.tmig .or.jp / mtsnp / index_e.shtml了解更多信息)。 此外,我们包括来自半超百岁老人(本文标记为SSC)的112条完整mtDNA序列的新数据,年龄介于105-115岁(平均年龄107.3±1.2岁)。 这些半超百岁老人包括96名女性和16名男性,都是从日本各地招募的。 该研究方案符合赫尔辛基宣言,并得到庆应义of大学医学院人类科学研究伦理委员会,岐阜国际生物技术研究所和东京都市老年医学研究所的批准。 已从每位参与者或其直系亲属获得书面知情同意。 在我们的网站(http://mtsnp.tmig.or.jp/mtsnp/annex_e.html)中提供了本研究中使用的mtDNA样品的收集,提取和测序所用方法的详细说明。 简而言之,用来自Applied Biosystems的3130xl基因分析仪分析序列。 将完整序列进行比对,组装,并与程序Sequencher 4.1(Gene Codes,Ann Arbor,MI)进行比较。 为了验证,对每个候选mtSNP进行了目视检查。 使用不同引物对扩增的至少2个重叠DNA模板用于鉴定每个mtSNP。 新获得的半超百岁老人的mtDNA序列以以下登录号(SCsq0113-SCsq0113的AP010661-AP010772)保藏在GenBank中。 在数据S1中以FASTA格式附加了112个新序列。 可以从http://mtsnp.tmig.or.jp/mtsnp/search_mtDNA_sequence_e.html下载本文中使用的672个其他序列。


      IP属地:德国来自iPhone客户端3楼2020-07-18 09:27
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        IP属地:德国来自iPhone客户端4楼2020-07-18 09:28
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          分别为每个SNP定义此分数。 考虑我们正在为百岁老人计算此分数的情况。 fST是百岁老人中具有SNP的样本比例,fSC是对照组中(具有健康的非肥胖男性)具有SNP的样本比例。 σSNT是其他6个非百岁老人(即非目标人群或NT)组中样本分数的标准偏差,分别对应于健康的非肥胖男性,肥胖的年轻男性,患有和不患有血管病的糖尿病患者,阿尔茨海默氏症和 帕金森氏病患者。 统计量LS是通过与t检验的类比得出的。


          IP属地:德国来自iPhone客户端6楼2020-07-18 09:30
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            为每个单倍组H定义此度量。fHT是属于单倍组H的目标(长寿)组(百岁老人或半超百岁老人)中样品的比例,fSC是对照组中的样品比例(健康的 属于单倍型H和σHNT的男性(肥胖男性)是这6个非目标人群中这些分数的标准差。
            我们使用[13]的方法来识别最大的双斜线。 我们将biclique定义为在所有数据中至少5个样本共享的一组多态性,而与单倍群或表型无关。 该算法使用递归算法将数据集组合到更大的数据集上,直到识别出所有最大的数据集,然后寻找由五个或更多个人在数据中共享的一组突变(双峰)。 可在以下网站上获得用于该算法的软件以及简要说明:http://genome.cs.iastate.edu/supertree/download/biclique。 这些双峰定义了“变异模式”,似乎与长寿具有协同作用。 使用模式的富集得分LP估算每个模式与寿命的关联。
            为每个模式P定义此统计信息。它表示目标寿命组中显示该模式的样本fPT的分数(百岁老人或半超百岁老人)的差值减去对照组中显示相同模式的样本fPC的分数之差。 ,除以所有6个非目标表型的这些分数的标准差σPNT。


            IP属地:德国来自iPhone客户端7楼2020-07-18 09:31
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              西伯利亚人后代


              IP属地:北京来自iPhone客户端8楼2020-07-18 13:08
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                所以说自然界是公平的,矮子一般比高的长寿。


                IP属地:浙江来自Android客户端12楼2020-10-14 20:40
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                  2025-08-08 17:55:41
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                  我是D4a,源自布里亚特满人


                  来自Android客户端18楼2023-07-03 18:28
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