多项研究显示肠易激综合征（IBS）患者存在菌群数量的变化和比例的失调, 主要表现为双歧杆菌、乳酸杆菌等优势菌群的减少, 肠杆菌等数量的增加。肠道菌群失调被认为是IBS发病关键机制之一, 恢复和重建正常肠道菌群可以有效改善IBS患者临床症状。IBS患者中小肠细菌过度生长 (SIBO) 的发生率高达78%, 而且经抗生素治疗消除SIBO可以明显改善IBS腹痛、腹泻等症状。Pimentel等运用高通量测序对IBS患者与正常人十二指肠菌群的比较发现, 腹泻型IBS (D-IBS) 患者细菌总量明显增加, 而多样性降低, 表现为气单胞菌属、埃希氏菌属明显增加, 乳球菌属、不动杆菌属和金黄杆菌属显著降低, 提示菌群紊乱与IBS的关系不容忽视。但究竟是菌群的紊乱导致IBS的发生, 还是IBS肠道动力、感觉、免疫、内分泌等异常而导致菌群的改变, 或是二者相互促进, 具体的机制还需进一步的阐明。