华南农业大学与华南农业大学珠江学院是两所不同的、相互独立的两所学校，其区别主要有：
（1）学校名称不同。华南农业大学的学校名称，就是“华南农业大学”6个中文字。而华南农业大学珠江学院的学校名称，则是“华南农业大学珠江学院”10个中文字。
（2）办学性质不同。华南农业大学是一所根正苗红的国家公办大学，单位性质是：事业单位。华南农业大学珠江学院则是一所民办学校，单位的性质是：民办非企业（简称“民非”）。
（3）职工身份不同。华南农业大学的教职工，其身份是：事业单位职工，拥有事业单位编制。华南农业大学珠江学院的职工不享有事业单位编制。
（4）办学水平不同。华南农业大学无论在师资水平、科研水平、教学资源上，均远超华南农业大学珠江学院。尤其是在科研方面，华南农业大学每年均进行大量不同层次的科研工作、科研立项。而华南农业大学珠江学院基本上没有“科研力量”可言。
（5）经费来源不同。华南农业大学的主要经费来源，是财正拨款，学费占经费支出的比例很少。而华南农业大学珠江学院的经费来源，几乎均来自学费收入。
（6）办学目的不同。华南农业大学作为公办大学，其办学目的是为社会培养人才。而华南农业大学珠江学院作为民办单位，其办学目的是最求利润的最大化、资金报酬最大化。
（7）社会口碑、学校知名度不同。华南农业大学作为广东省的知名院校之一，拥有良好的社会口碑和知名度。而华南农业大学珠江学院作为二本民办院校无论是知名度还是口碑的美誉度，均不及华南农业大学。
（8）文凭的认可程度不同。华南农业大学作为公办大学，其颁发的文凭均有无可置疑的认受性。而民办性质的华南农业大学珠江学院，在文凭的认受性方面，肯定不及华南农业大学。这方面当你毕业找工作时，就会深刻感受到。
（9）学费不同。华南农业大学一年的学费，大概是5000左右。而民办性质的华南农业大学珠江学院，一年学费约2万左右。
（10）颁发的文凭不同。华南农业大学的无论是毕业正还是学位正，学校名称、学校印章均为“华南农业大学”6个中文字。民办性质的华南农业大学珠江学院的毕业正、学位正，学校名称、学校印章均为“华南农业大学珠江学院”10个中文字。
（11）所在地不同。华南农业大学位于广州市市区：天河区。而华南农业大学珠江学院，则位于比较偏远的从化区。
（12）招生批次不同。华南农业大学是在一本批次招生。华南农业大学珠江学院是在二本招生。
根据教育部公布的《2016年全国高等学校名单》，教育部明确将“华南农业大学珠江学院”标注为“民办学校”。