重返德军总部
blazkowicz去阻止德国挖掘thule的魔法，半路上遇到了以前thule的首领olaric，将其杀死，然后经过在德军后方的一系列破坏，来到了x-lab，去追捕传说中德国的科学家死颅将军，遇到了无腿电兵和原型士兵，依然将其全部解决。BJ的强大震撼了死颅，在BJ来到死颅的办公室以后，死颅把BJ关在了一个房间里，放出自己的王牌超级士兵，让他们两个决斗。让死颅没想到的是，BJ成功杀死了超级士兵，死颅只能坐上喷气机逃跑。BJ继续杀死路上的德军，来到了古墓，要阻止德军复活远古国王海因里希一世，消灭了无数的德军单位以后，终于来到了复活场地，这个时候，海因里希一世也复活了，BJ和海因里希一世大战，将其杀死。正在观看的德军军官感觉到了恐惧。
德军总部2009
消灭了海因里希一世，德军挖破烂的决心依然没有改变。德军又挖到了以前毁灭thule的黑太阳，打算将其作为能源普及到德军的武器中。BJ的任务又开始了，他一路上过关斩将，拿到了可以使用黑太阳力量的水晶罗盘以及面纱水晶，随后又拿到了时间，护盾，力量水晶。BJ摧毁了黑太阳的研究所，和负责这个研究的泽塔将军正面交锋。尽管泽塔将军已经拥有了黑太阳的力量，BJ依然将其杀死。BJ继续战斗，然而在一个黑太阳的机器旁边，他看到了死颅将军，还有汉斯格罗斯挟持着帮助过他的反抗组织的首领卡罗琳.贝克，卡罗琳依然在反抗，汉斯一枪打中卡罗琳，黑太阳的机器正在失控，死颅逃跑了。留下BJ面对黑太阳世界生物的领袖 queen geist。得益于周围的flak38高射炮，BJ将防御很强的queen geist打伤，在失控的机器把他们传送到另一个地方时，用自己的武器打残它，然后一个遥控炸弹将其终结。BJ已经创造了无数奇迹，但是还要继续追捕死颅将军，不能让他成功，绝对不能。经过无数困难，他终于来到了黑太阳世界，死颅正在等他，他给汉斯格罗斯配备了最新的战斗服和水晶罗盘（然而少了一块力量水晶，一定是死颅逆向工程不太成功）。BJ和汉斯决斗，由于汉斯的战斗服非常强大，所以BJ用自己从德军缴获的各种黑太阳武器将其暂时打伤，然后用同样的水晶插到他的罗盘，引起共振，以便造成巨大的伤害。经过了三次水晶的共振，最后一次形成的能量前所未有，连着战斗服把汉斯格罗斯杀死，这样的能量还毁掉了了黑太阳机器，引爆了这个世界的出口。这样德军再也无法使用黑太阳的能量了。死颅一边骂着BJ一边逃跑，BJ也跳伞从齐柏林飞艇离开。
德军总部旧血脉
德军经过多次的失败后，挖破烂的决心依然不止。这次德军又开始挖海因里希一世的儿子奥托一世的遗产了，BJ依然要阻止他们。BJ的任务又开始了，他经过无数次的战斗，被计划的一个主管鲁迪耶格抓住然后折磨，但是依然找到机会逃跑，同时杀死了鲁迪的狗格蕾塔。鲁迪是个狂热的狗粉，他要找BJ报仇，后来在一栋木房里，鲁迪穿着战斗服来了。但是BJ曾经击败过战斗服更好的汉斯格罗斯，对鲁迪耶格根本不屑一顾。通过打坏了战斗服的电源，撬坏了战斗服的一部分，然后对着鲁迪暴露的肉体扫射。鲁迪身受重伤，悲叹着就要和自己的格蕾塔重逢。BJ没有留情，依然摘掉头盔拿锋利的水管刺入鲁迪的太阳穴和下巴，将其杀死。BJ继续前进，发现一些德军士兵已经被奥托大帝的力量变成了丧尸，最后，他终于和奥托大帝以前养的怪物战斗，将其彻底摧毁以后，这股神秘力量已经消失。BJ再一次挫败了德军的阴谋。
德军总部新秩序
德国赢得了二战的胜利，没有依靠遗产，而是科技。BJ希望抓住死颅改变战局，但是却中了圈套，和自己一起行动的怀亚特和费格斯也被死颅抓住。死颅要挖出一个人的大脑研究，故意让BJ选择以折磨他，BJ选择了费格斯的大脑，死颅挖完大脑就离开了，BJ和怀亚特一起设法逃出，然而里面爆炸了，BJ的后脑勺被一块弹片击中，失去记忆，被送到医院由安雅照顾。过了14年，到了1960年，失去记忆的BJ经过安雅无微不至的照顾，和安雅有了感情，虽然这时候身体依然不协调，德军来袭击这座医院，杀死了很多医生护士，就在要抓走安雅时，BJ的潜能爆发了，他用餐刀杀死了一名德军士兵，拿着他的手枪去追。安雅，现在的他最爱的女孩，绝不可以让她受到伤害，BJ以这样的信念，即使身体还没有完全协调，即使14年没有走路了，他依然拿着手枪摇摇晃晃的前进。在战斗的途中，他在抵抗组织的地下室发现卡罗琳还没死，他继续和反抗组织一起和德军战斗。经过了数次战斗，他去了月球，摧毁了德军的月球基地，然后回到地球，摧毁了巨大的机器人伦敦监察者，独自前往死颅的基地去救再次被德军抓走的安雅。消灭了死颅的各种战斗单位，他就要见到安雅了。但是，布比，那个娘炮从通风口偷袭他，给他注射了大象一样剂量的麻醉剂。但是，他为了安雅，以坚强的意志站了起来，把布比打倒在地，然后两刀捅死布比。他凭着意志继续前进，终于要见到安雅了，他安心的倒在地上，安雅和那些抵抗组织的成员打算一起逃出这个地方，就在BJ进入电梯以后，死颅改变了方向，他又要和安雅分离了。电梯来到了死颅的房间，死颅把费格斯的大脑放在他的原型机器人里，原型机器人攻击BJ，BJ用特斯拉手榴弹暂时瘫痪，拿出了费格斯的大脑，忍痛将其毁掉。死颅开着自己的机甲向BJ射击，BJ用周围的高炮摧毁了死颅机甲的护盾能源。死颅掉到了一个充满煤气管道的地下室，BJ在地下室和死颅进行最后的战斗。他用激光枪多次射击死颅的机甲，终于让其停止运作。他把死颅按住，想用刀杀死，但是死颅拿出手榴弹同归于尽。死颅已经彻底被炸死，BJ的肠子被炸出来也快死了，但是后来又听到了一阵直升机的声音，可能是安雅来救他了。
blazkowicz去阻止德国挖掘thule的魔法，半路上遇到了以前thule的首领olaric，将其杀死，然后经过在德军后方的一系列破坏，来到了x-lab，去追捕传说中德国的科学家死颅将军，遇到了无腿电兵和原型士兵，依然将其全部解决。BJ的强大震撼了死颅，在BJ来到死颅的办公室以后，死颅把BJ关在了一个房间里，放出自己的王牌超级士兵，让他们两个决斗。让死颅没想到的是，BJ成功杀死了超级士兵，死颅只能坐上喷气机逃跑。BJ继续杀死路上的德军，来到了古墓，要阻止德军复活远古国王海因里希一世，消灭了无数的德军单位以后，终于来到了复活场地，这个时候，海因里希一世也复活了，BJ和海因里希一世大战，将其杀死。正在观看的德军军官感觉到了恐惧。
德军总部2009
消灭了海因里希一世，德军挖破烂的决心依然没有改变。德军又挖到了以前毁灭thule的黑太阳，打算将其作为能源普及到德军的武器中。BJ的任务又开始了，他一路上过关斩将，拿到了可以使用黑太阳力量的水晶罗盘以及面纱水晶，随后又拿到了时间，护盾，力量水晶。BJ摧毁了黑太阳的研究所，和负责这个研究的泽塔将军正面交锋。尽管泽塔将军已经拥有了黑太阳的力量，BJ依然将其杀死。BJ继续战斗，然而在一个黑太阳的机器旁边，他看到了死颅将军，还有汉斯格罗斯挟持着帮助过他的反抗组织的首领卡罗琳.贝克，卡罗琳依然在反抗，汉斯一枪打中卡罗琳，黑太阳的机器正在失控，死颅逃跑了。留下BJ面对黑太阳世界生物的领袖 queen geist。得益于周围的flak38高射炮，BJ将防御很强的queen geist打伤，在失控的机器把他们传送到另一个地方时，用自己的武器打残它，然后一个遥控炸弹将其终结。BJ已经创造了无数奇迹，但是还要继续追捕死颅将军，不能让他成功，绝对不能。经过无数困难，他终于来到了黑太阳世界，死颅正在等他，他给汉斯格罗斯配备了最新的战斗服和水晶罗盘（然而少了一块力量水晶，一定是死颅逆向工程不太成功）。BJ和汉斯决斗，由于汉斯的战斗服非常强大，所以BJ用自己从德军缴获的各种黑太阳武器将其暂时打伤，然后用同样的水晶插到他的罗盘，引起共振，以便造成巨大的伤害。经过了三次水晶的共振，最后一次形成的能量前所未有，连着战斗服把汉斯格罗斯杀死，这样的能量还毁掉了了黑太阳机器，引爆了这个世界的出口。这样德军再也无法使用黑太阳的能量了。死颅一边骂着BJ一边逃跑，BJ也跳伞从齐柏林飞艇离开。
德军总部旧血脉
德军经过多次的失败后，挖破烂的决心依然不止。这次德军又开始挖海因里希一世的儿子奥托一世的遗产了，BJ依然要阻止他们。BJ的任务又开始了，他经过无数次的战斗，被计划的一个主管鲁迪耶格抓住然后折磨，但是依然找到机会逃跑，同时杀死了鲁迪的狗格蕾塔。鲁迪是个狂热的狗粉，他要找BJ报仇，后来在一栋木房里，鲁迪穿着战斗服来了。但是BJ曾经击败过战斗服更好的汉斯格罗斯，对鲁迪耶格根本不屑一顾。通过打坏了战斗服的电源，撬坏了战斗服的一部分，然后对着鲁迪暴露的肉体扫射。鲁迪身受重伤，悲叹着就要和自己的格蕾塔重逢。BJ没有留情，依然摘掉头盔拿锋利的水管刺入鲁迪的太阳穴和下巴，将其杀死。BJ继续前进，发现一些德军士兵已经被奥托大帝的力量变成了丧尸，最后，他终于和奥托大帝以前养的怪物战斗，将其彻底摧毁以后，这股神秘力量已经消失。BJ再一次挫败了德军的阴谋。
德军总部新秩序
德国赢得了二战的胜利，没有依靠遗产，而是科技。BJ希望抓住死颅改变战局，但是却中了圈套，和自己一起行动的怀亚特和费格斯也被死颅抓住。死颅要挖出一个人的大脑研究，故意让BJ选择以折磨他，BJ选择了费格斯的大脑，死颅挖完大脑就离开了，BJ和怀亚特一起设法逃出，然而里面爆炸了，BJ的后脑勺被一块弹片击中，失去记忆，被送到医院由安雅照顾。过了14年，到了1960年，失去记忆的BJ经过安雅无微不至的照顾，和安雅有了感情，虽然这时候身体依然不协调，德军来袭击这座医院，杀死了很多医生护士，就在要抓走安雅时，BJ的潜能爆发了，他用餐刀杀死了一名德军士兵，拿着他的手枪去追。安雅，现在的他最爱的女孩，绝不可以让她受到伤害，BJ以这样的信念，即使身体还没有完全协调，即使14年没有走路了，他依然拿着手枪摇摇晃晃的前进。在战斗的途中，他在抵抗组织的地下室发现卡罗琳还没死，他继续和反抗组织一起和德军战斗。经过了数次战斗，他去了月球，摧毁了德军的月球基地，然后回到地球，摧毁了巨大的机器人伦敦监察者，独自前往死颅的基地去救再次被德军抓走的安雅。消灭了死颅的各种战斗单位，他就要见到安雅了。但是，布比，那个娘炮从通风口偷袭他，给他注射了大象一样剂量的麻醉剂。但是，他为了安雅，以坚强的意志站了起来，把布比打倒在地，然后两刀捅死布比。他凭着意志继续前进，终于要见到安雅了，他安心的倒在地上，安雅和那些抵抗组织的成员打算一起逃出这个地方，就在BJ进入电梯以后，死颅改变了方向，他又要和安雅分离了。电梯来到了死颅的房间，死颅把费格斯的大脑放在他的原型机器人里，原型机器人攻击BJ，BJ用特斯拉手榴弹暂时瘫痪，拿出了费格斯的大脑，忍痛将其毁掉。死颅开着自己的机甲向BJ射击，BJ用周围的高炮摧毁了死颅机甲的护盾能源。死颅掉到了一个充满煤气管道的地下室，BJ在地下室和死颅进行最后的战斗。他用激光枪多次射击死颅的机甲，终于让其停止运作。他把死颅按住，想用刀杀死，但是死颅拿出手榴弹同归于尽。死颅已经彻底被炸死，BJ的肠子被炸出来也快死了，但是后来又听到了一阵直升机的声音，可能是安雅来救他了。
