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食品药品学院（原生物工程学院）是在山东省商业学校的“卫检教研室”的基础上，历经37年的传承与建设发展而来的。1975年成立“卫检教研室”，创建“肉品卫生检验”专业；1999年成立“生物系”与山东福瑞达集团合作建立“医药营销专业”，并在该专业创建“2+1”人才培养模式；2004年8月，山东商业职业技术学院与山东福瑞达集团共同出资1700万元，成立了股份制学院——“生物工程学院”，真正实现了“校企合一”的办学模式，泰山学者、博士生导师、山东商业集团党委副书记、副总经理，福瑞达医药集团凌沛学总裁担任院长，真正实现了校企一体化办学。2005年起设立了“福瑞达” 助学、奖学金，每年十万元，连续二十年（2011年至今已有1118名学生受到资助）。学院为食品、药品行业培养了五千多名生产、质量检测、管理、营销、技术开发的高端技能型人才。
学院有60多名专兼职教师，“食品检测及管理专业”教学团队和“生物制药技术专业” 教学团队均被评为“山东省优秀教学团队”。建成1门省级精品课程、1门全国教指委精品课程、4门校级精品课程；承担省级及企业科研课题24项，获国家发明专利15项。院长凌沛学“玻璃酸钠”的研究达到国际先进水平并两次荣获国家科技进步二等奖，山东省科技最高奖等奖项。
2011年食品和药品两个大类的专业排名均居全省前列。学院有“食品检测与管理”“食品工程生物技术”、“生物制药技术”、 “医药营销”、“生物技术及应用”、“药品质量检测技术”等六个专业；在校生1200多人；学院教学条件先进，现有食品检测及管理国家级实训基地和5个实训中心（22个实验室），4个研发中心，建有乳制品、啤酒、肉制品、中西式糕点等4个生产性实训项目。学校与山东福瑞达医药集团、蒙牛乳业、齐鲁制药、济南维尔康、山东金锣集团、烟台喜旺、南京海辰药业、鲁南制药等50多家企业保持良好的校企合作关系，建有实习就业基地或订单班，人才培养贴近社会需求，毕业生供不应求，2012年学生就业率达到100%。实现了教育教学、科研，就业和社会服务各项工作的全面发展，连续被评为学校“学生管理先进部门”、“毕业生就业先进部门”、“宣传工作先进部门”，同时被山东省高校工委命名为“山东高校科教兴鲁优秀基层党组织”“山东高校三八红旗集体”等荣誉称号。
学院依托“国家农产品现代物流工程技术研究中心”科研平台强化科研与社会服务能力。
1、“山东商业职业技术学院食品检测中心”已通过山东省质监局的资质认定，可以对外使用CMA和CMAF标识，承担肉品质量检测任务；
2、“济南市肉品质量安全控制工程技术中心” 落户我院，在济南市科技局获批的55个工程中心项目中，我校是唯一一家获得立项的高等院校，该中心的成立，是我校产学研能力和科技服务水平提高的又一里程碑，能够更好地肉品行业提供技术支持。
3、师生代表商务厅负责“山东省放心肉服务体系省级监管平台”的运营维护工作，在社会服务的同时，为教学提供第一手资料。
4、积极为社会提供科普服务，扩大学校影响力。已与山东电视台生活频道的“生活帮节目组”和山东电视台公共频道“顺藤摸瓜节目组”合作，针对热点民生问题对观众进行科普教育，为民排忧解惑。并与山东电视台公共频道签订战略性合作协议。
5、实现全国技能大赛成绩突破。
邢大勇同学荣获2012全国职业技能大赛高职组“农产品质量安全检测”赛项二等奖；（山东省最好成绩）--指导教师：崔向珍
王爽同学在“盼盼食品杯”首届全国职业技术学院（校）在校生创意西点技能大赛”中取得大赛二等奖的好成绩；--指导教师：张瑞菊、李子江