9月21日，19th单曲选拔猜拳大会，首战胜总选第一的大岛优子，二回战落败。9月22日，入选18th《Beginner》选拔组。
2011年1月11日，AKB首个成员冠番《明明是个小指子〜这节目与AKB完全没关系〜》在TBS开播，土田晃之主持。1月21日，AX2011第2日安可部分宣布，和大岛优子、北原里英、横山由依结成新派生组合Not yet，并公开了出道单曲《周末Notyet》。1月23日，AX2011上《爱しきナターシャ》获unit曲最高的第7位。2月25日，高中顺利毕业。2月26日，主演的《樱花寄来的信～AKB48 成员们的毕业物语～》日本首播。3月10日，“YJ7vsYM7神保町・护国寺大戦”启动，入选YM7。8月19日，《复活节小兔的糖果工场》日文版首次担任动画声优。9月6日，出席新加坡AKB官店活动。9月20日，24th单曲选拔猜拳大会，首战胜上届“拳王”内田真由美，二回战落败。9月24日，参与上海外国语大学的感恩中国义演。
2012年1月8日，AKB握手会上被宣布演唱《缪斯之镜》主题曲并以此曲实现solo出道。1月14日，主演的24集深夜剧《缪斯之镜》开播。1月19日，首本个人写真书《さしこ》发行，出货量15万本。1月27日，主演纪录片《AKB48纪录片：演出继续》在日本上映。3月5日，周刊PB开始连载以指原莉乃为主角的4格漫画《さしこ+》，田边洋一郎执笔。3月24日，主演的《福冈恋爱白书7》在九州KBC首播。3月25日，Notyet冠番《ヨンパラ》完结。4月26日，《Honey Sassy》第2季发行。5月2日，solo出道单曲《それでも好きだよ》发行，香港、澳门、新加坡三地同时海外发行。5月18日，首次solo出演《MUSIC STATION》。5月23日，第4回选拔总选举初段速报，暂获9337票，第4名。5月30日，Not yet第四单《西瓜BABY》发行。6月6日，第4回选拔总选举最终结果，获得67339票，第4名。6月15日，在电台直播中回应《周刊文春》“报道内容并不真实，但以前确实是朋友关系。”然后总制作人秋元康宣布指原将于次日起正式移籍HKT48。6月25日，担纲总制作的“ゆび祭り～アイドル临时総会～”在日本武道馆顺利举行。7月5日，首次以HKT成员身份在福冈市博多的HKT48剧场参与公演，并正式加入Team H。

7月6日，参与AKB第三回猜拳大会的HKT48预选赛，首轮败退。7月21到22日，出演“FNS27时间テレビ”。7月23日，以AKB成员身份参与最后的AKB剧场公演“指原莉乃壮行会”。7月27日到28日，参与香港举办的HKT48签名会、握手会。9月18日，出演AKB第三回猜拳大会的MC。9月26日，《意気地なしマスカレード》开始配信。9月29日，《缪斯之镜剧场版》全国上映。10月8日，个人代言的化妆品牌“なめらか本舗”的“豆乳発酵液”CM开播。10月17日，《意気地なしマスカレード》发售。初动6.8万枚，o榜第一位。11月11日，参与在埼玉县川口市举办的“日光御成道祭”巡游，扮演江户时代的公主。12月6日，指原设计的“さっしー弁当”在福冈的みのしま商店街发售，限定200个。

2013年3月26日，HKT48出道单曲《スキ！スキ！スキップ！》以25万张获得ORICON单曲榜周榜首位，指原因此实现分别以AKB48、HKT48、Not Yet、个人SOLO四个名义获得周榜冠军。4月28日，“AKB48グループ临时総会 ～白黒つけようじゃないか！～”第四日，被宣布兼任HKT48剧场支配人。5月22日，第五届AKB48总选举速报，暂获28516票，第一名。6月8日，第五届AKB48总选举最终结果，总票数150570票，第一名。10月9日，第二个冠名节目《指原之乱》开始在东京电视台播出。
2014年5月30日，主演电影《蔷薇色的布子》在日本上映。