楼主既非历史学家，也非红学专家，在此发表一些微末的个人观点，博大家一笑。
个人观点：从最近发现的癸酉本《旧时红楼真本》来看，其为《红楼梦》初稿，应该无疑，其最初作者为吴梅村等数人。写的确实是明亡史。这一点看过此书的绝无第二个解释。
不过如果《红楼梦》写的是明亡史，满清王朝似乎不应该将其列为禁书。或者说不应该列为重点禁书。
满清皇帝对《红楼梦》的查禁似乎不遗余力，甚至由此导致了，《红楼梦》后二十八回的“遗失”。个人认为，不是遗失，而是被刻意销毁了。为了消除《红楼梦》的对当时统治的不利影响，故意令高鹗等人，不惜血本，对《红楼梦》进行了彻底的篡改，以混淆视听。也就是我们今天看到的程高本。
为什么会这样呢？
我认为，只有一个解释：《红楼梦》初稿后来被人利用，进行了大量的增删披阅，这就是后来的《脂砚斋重评石头记》。书中反复强调，增删五次，批阅十载，字字皆是血。
经过批改之后的《脂砚斋重评石头记》，已经不是原来仅是写明亡史的书籍，而是融入了大量的满清宫秘史。因为批改人，正是满清皇室中的重要历史事件亲历者？这些批改者们，把自己对当时皇帝的不满，以及宫廷黑暗的内幕，写进了书里。
于是，《红楼梦》成了当时满清皇帝大力查禁的禁书。因查禁压力太大，当时的藏书者，竟不敢留存后二十八回，为了保存自己身家性命，予以销毁。以致今天，一直没有人能找到后二十八回原文。
反而是最初的，写明亡史的初稿癸酉本《旧时红楼真本》在世上存着全本。
以上观点，纯属楼主猜测，如有雷同，概不负责。