塞马环斑海豹代表着一个进化根源深远的谱系，与现今的波罗的海环斑海豹和拉多加环斑海豹截然不同，后者是在冰期后期由北极种群演化而来。波罗的海环斑海豹和拉多加环斑海豹起源于大西洋，而塞马环斑海豹很可能是从东部，也就是从冰河时期存在大型冰川湖泊的地区扩散到芬兰的。在迁徙到塞马湖的过程中，它们还与西部环斑海豹发生了杂交。因此除了这一独特的祖先之外，塞马谱系还包含来自冰后期与北极环斑海豹混合的祖先成分。目前，内陆的塞马环斑海豹实际上是异域物种，因此在可预见的未来，它们将继续沿着独特的进化轨迹发展。这种独特的进化轨迹不仅限于塞马环斑海豹，而且它们的海豹虱在基因上也与其他研究过的环斑海豹虱不同。然后在形态学差异上，赛马环斑海豹在牙齿的解剖结构上与其他地区的环斑海豹存在差异。环斑海豹的下后犬齿通常有四个齿尖，但也可能是三个或五个齿尖，塞马环斑海豹则完全没有五个齿尖。塞马环斑海豹下前臼齿P2至P4的平均长度通常比波罗的海环斑海豹和拉多加环斑海豹短，但只有第一臼齿与其他所有种群相比明显偏小。在塞马环斑海豹的牙齿中，相对牙齿高度 和测量侧齿尖相对高度的顶齿尖角分别为最高和最低。此外，赛纳湖环斑海豹的舌头更宽，舌尖更圆润，呈现分叉状，配合上其牙齿特征更适合捕食赛马湖中的小型鱼类。与其它环斑海豹亚种相比，赛马湖环斑海豹的头骨具有更大的下颌骨、颧骨宽度和颧骨长度。此外，赛马湖环斑海豹与波罗的海环斑海豹（P. h. botnica）和拉多加环斑海豹（P. h. ladogensis ）的区别在于其鼓泡位置更高，眼眶也略大。分子和形态学数据表明，塞马湖环斑海豹构成了一个独特的、长期分化的谱系，符合谱系一致性物种概念。根据对多种哺乳动物类群所采用的类似推理，论文作者等人建议将塞马环斑海豹提升为独立物种，并为其选定了其选型标本（lectotype）与赛马环斑海豹的学名（Pusa saimensis）